Rechercher
Accès à votre compte
Bandeau Français
Accueil > Programme
 

8e Journées Scientifiques du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique


Les Journées Scientifiques du RFMF constituent le rendez-vous annuel majeur de la communauté française et francophone en métabolomique et fluxomique.


les 19, 20 & 21 mai 2014 - Domaine Scientifique de la Doua - Bâtiment La Rotonde, 14-16 avenue des arts, 69100 Villeurbanne
version définitive
lundi 19 mai 2014
10:00 - 13:00 : Atelier Galaxy

                      10h00 - 13h00 Atelier 1 : Initiation au traitement et à l'analyse des données métabolomiques sur la plateforme Galaxy IFB-MetaboHUB.

                                              (Rq: sur inscription préalable validée par les animateurs de l'atelier)

12:00 - 14:00 : Accueil des participants - Buffet

                      12h - 14h : Accueil des participants

                      13h - 14h : Buffet

14:00 - 14:15 : Allocution de Bienvenue

Michel Lagarde, Vice-Président de l'INSA de Lyon.

14:15 - 14:30 : Introduction aux 8 Journées Scientifiques

Floriant Bellvert et Anne-Emmanuelle Hay de Bettignies du Comité d'Organisation des 8 JS RFMF et Dominique Rolin du Réseau Français de Métabolomique et Fluxomique.

14:30 - 14:45 : Développements méthodologiques en bioinformatique / traitements statistiques (1)

Chairman : Laurent Legendre, Lyon, France                       

                         14h30 - 14h45 : MetExplore 2.0: handling genome scale metabolic networks online. Fabien Jourdan, Toulouse, France

14:50 - 15:05 : Session Flash 1

                  

Chairman : Laurent Legendre, Lyon, France

                        14h50   Metabolic profile of limbic brain structures in microtubule-associated proteins MAP6 Knockdown mice.  Florence Fauvelle, Grenoble, France.

                        14h55  Evaluation de la précision et de la justesse de méthodes RMN 2D pour la quantification d'isotopomères. Christophe Thibaudeau, Amiens, France.

                        15h00   Urinary metabolic profiling of rats treated with curcumin using HPLC-MS Matteo Stocchero, Vicenza, Italie.

15:05 - 15:10 : Pause (1)
15:10 - 16:10 : Développements méthodologiques en métabolomique, fluxomique, lipidomique...
  • Session parallèle A – Amphi Rotonde

Session Session Dévelopements Méthodologiques en Métabolomique et Fluxomique

Chairwoman : Estelle Pujos, Clermont Ferrand, France

                      15h10 - 15h25 :  SYSMETAB : calcul rapide du gradient pour l'identification des flux metaboliques à partir d'expériences de marquage isotopique stationnaires et non-stationnaires.  Stéphane Mottelet, Compiègne, France.

                      15h30 - 15h45 :  Statistical approaches to study the physiological variability of the urinary metabolome.  Etienne Thévenot, Saclay, France.

                      15h50 - 16h05 :    Analyse isotopique et métabolomique dans les cellules mammaires humaines : vers un nouvel outil de diagnostic du cancer du sein.  Illa Téa, Nantes, France.

.

  • Session parallèle B – Amphi Lespinasse

Session Lipidomique

Chairwoman : Nathalie Bernoud-Hubac, Lyon, France 

                      15h10 - 15h25 :  Lipidomics of mono- and dihydroxylated fatty acids.  Michel Guichardant, Lyon, France.

                      15h30 - 15h45 :  LC-MS and GC-MS in lipidomics research: Methodology and Applications.  Hector Gallart-Ayala, Nantes, France.

                      15h50 - 16h05 :   Lipidomic analysis of spinocerebellar ataxia plasma samples.  Alexandre Seyer, Boulogne Billancourt, France.

16:10 - 16:35 : Pause - Echanges informels (2)
16:35 - 16:50 : Session Flash (2) - Amphi Lespinasse

Chairman: Fabien Jourdan, Toulouse, France                          

                          16h35   NMR metabolomics in young endurance horses. Margaux Luck, Evry, France.

                         16h40  La Métabolomique appliquée à l’étude d’un stress thermique sur le corail scléractiniaire Stylophora pistillata . Isabelle Bonnard, Perpignan, France

                         16h45   Waters.  David Lascoux, Saint-Quentin en Yvelines, France

16:50 - 17:05 : Développements méthodologiques en bioinformatique / traitements statistiques (2)

Chairman: Fabien Jourdan, Toulouse, France 

                        16h50 - 17h05 : A consensus OPLS-DA strategy for multiblock data fusion: Application to plant metabolomics. Julien Boccard, Genève, Suisse.

17:10 - 17:25 : Session Flash (3) - Amphi Lespinasse

Chairman: Bruno Combourieu, Rovaltain Research Facility, France

                          17h10   Les nouveaux systèmes RMN Agilent. Michele Zani, Les Ullis, France

                          17h15  NMR based Metabolomics for the diagnosis of thyroid cancer. Lamya Rezig, Marseille, France.

                         17h20   Chenomx. Neil Taylor, Edmonton, Canada 

17:25 - 18:05 : Conférence invitée (1) - Amphi Lespinasse

Chairman: Bruno Combourieu, Rovaltain Research Facility, France                       

                        17h25 - 18h05 :   Towards mechanism-based toxicity testing in Daphnia utilising metabolomics approaches. Mark R. Viant, Birmingham, Royaume-Uni.

18:10 - 18:20 : Pause
18:20 - 19:20 : Assemblée Générale du RFMF - Amphi Lespinasse

ouverte à tous les participants des 8 JS RFMF et aux membres du RFMF

19:30 - 20:30 : Cocktail d'accueil - Barnum Rotonde

Cocktail d'accueil - Echanges informels

mardi 20 mai 2014
08:30 - 09:10 : Conférence invitée (2)

Chairwoman: Bénédicte Elena-Herrmann, Lyon, France                      

                         8h30 - 9h10 : Cell culture NMR metabolomics and its many applications. Miroslava Cuperlovic-Culf, Moncton, Canada.

09:15 - 09:30 : Session Flash (4)

Chairwoman: Bénédicte Elena-Herrmann, Lyon, France                       

                       9h15    ProbMetab: an R package for Bayesian probabilistic annotation of LC-MS based metabolomics. Ricardo R. Silva, Sao Paulo, Ribeirao Preto, Brésil

                       9h20  Targeting the halogenated metabolome of marine-derived fungi using LC-HRMS/MS tools. Yann Guitton, Nantes, France.

                       9h25 Thermo Scientific.

09:30 - 09:35 : Pause
09:35 - 10:10 : Sessions Santé Cancer & RFMF Junior
  • Session parallèle A – Amphi Rotonde

Session Cancer

Chairwoman: Bénédicte Elena-Herrmann, Lyon, France

                                 9h35 - 9h50 :   NMR Metabonomics Reveals Molecular Markers of Hepatocellular Carcinoma in the European Prospective Investigation into Cancer and Nutrition (EPIC) Cohort.  Bénédicte Elena-Herrmann, Lyon, France.

                        9h55 - 10h10 :  Altérations métaboliques dans la voie de synthèse du cholestérol, une authentique voie oncogénique. Laurent Corcos, Brest, France.

  • Session parallèle B – Amphi Lespinasse

Session RFMF Junior  Plantes et Agroressources

Chairmen: Blandine Madji Hounoum, Tours, France, et Guillaume Meiffren, Lyon, France

                        9h35 - 9h45 :     NMR metabolomic approach to study cold acclimation on three genotypes of Miscanthus.   Hyacinthe Le Gall, Amiens, France.

                        9h50 - 10h00 :  1H-NMR HRMAS study of maize ( Zea mays ) roots exposed to organochlorines pesticides. Claire Blondel, Grenoble, France.

                       

10:10 - 10:40 : Pause - Echanges informels
10:40 - 12:00 : Sessions Santé & RFMF Junior
  • Session parallèle A – Amphi Rotonde

Session Cancer (Suite)

Chairman: Christophe Junot, Saclay, France

                       10h40 - 10h55 :   Exposome-Explorer, a new database on biomarkers of exposures for cancer risk factors. Vanessa Neveu, Lyon, France.

Session Santé

                       11h00 - 11h15 :  Metabolomic study of Kleine-Levin syndrome. Farid Ichou, Paris, France.

                       11h20 - 11h35 New Insight into Age-related Macular Degeneration: A Metabolomics Approach. Pascal de Tullio, Liège, Belgique. ANNULEE

                       11h40 - 11h55 Etude de l’effet de la vinclozoline sur le métabolome testiculaire des rats Sprague-Dawley par approche métabonomique sur une plateforme LC-QqToF. Agneta Kiss, Lyon, France.

  • Session parallèle B – Amphi Lespinasse

Session RFMF Junior

Agroressource

Chairmen:  Maximilien Gonçalves-Martins, Lyon, France, et Sandrine Aros-Calt, Saclay, France

                        10h40 - 10h50 :   Caractérisation et traçabilité des matrices riches en triacylglycérols  par une approche Isotopomique.  Noëlle Merchak, Nantes, France.

Santé

Chairmen:  Hyacinthe Le Gall, Amiens, France, et Fabien Miart, Amiens, France

                       10h55 - 11h05 :     LC-HRMS and data mining tools for the combined metabolomic and lipidomic serum profiling of human cohorts.  Samia Boudah, Gif-Sur-Yvette, France.

                       11h10 - 11h20 :   Targeted, LC-MS/MS-based metabolomics for quantitative analysis of Plasmodium falciparum phospholipid metabolism. Salma Ghezal, Montpellier, France.

                       11h25 - 11h35 : Etude non ciblée d’empreintes métaboliques de tumeurs mammaires analysées sur une plateforme UHPLC-QqToF. Sandra Coronado, Villeurbanne, France.

                       11h40 - 11h50 :  Untargeted metabolomics approach for the urine analysis of autistic patients using LC-HRMS,  1H-NMR and 1H-13C-HSQC NMR.   Binta Diémé, Tours, France.

12:00 - 14:00 : Buffet
12:45 - 13:50 : Session Séminaires Industriels (1)
 

Amphi Rotonde

Chairman: Laurent Legendre, Lyon, France

 

Salle René Char

Chairman: Gilles Comte Lyon, France

12h45 - 13h15 :

ACD/Labs: 

ACD/Labs the new Metabolomic NMR solution and the IntelliXtract algorithm

to process more effectively the LC/MS data  

Matteo Stocchero, S-IN Soluzioni Informatiche, Vicenza, Italie et  Yves Lorrain , ACD/Labs , France

 

   Thermo Scientific

mzCloud and Mass Frontier: a key conceptual shift to understand “who’s who” in untargeted metabolomics.

Robert Mistrik, HighChem, Slovaquie

       

13h20 - 13h50 :

WATERS et Nonlinear Dynamics .

Solutions globales de Waters en métabolomique impliquant l'instrumentation,

le consommable, le logiciel et l'approche applicative.

David Lascoux, Waters , France, 

et Agnès Corbin , Nonlinear Dynamics , Royaume-Uni

 

Quantitative NMR software for metabolomics.

 Neil Taylor,   Chenomx , Canada, et Debora Paris , Italie

       
14:00 - 14:40 : Conférence invitée (3)

Chairman: Cédric Bertrand, Perpignan, France

                        14h00 - 14h40 : A metabolomics-centered view on the defensive chemistry of native tobacco species to insect attack . Emmanuel Gaquerel, Heidelberg, Allemagne

14:45 - 15:00 : Session Flash (5)

Chairman: Cédric Bertrand, Perpignan, France

                        14h45 Metabolic indicators of olive oil ageing. Multiblock analysis by ACOMDIM treatment. Nathalie Dupuy, Marseille, France

                        14h50 Sphingolipidomique par spectrométrie de masse : approche basse résolution versus haute résolution. Justine Bertrand-Michel, Toulouse, France

                        14h55 Bruker

15:00 - 15:05 : Pause
15:05 - 16:05 : Sessions Microbiologie-Biotechnologie & Plantes-Agroressources
  • Session parallèle A – Amphi Rotonde

Session Microbiologie-Biotechnologie

Chairman: Floriant Bellvert, Toulouse, France.

                        15h05 - 15h20 :   Development of an LC-HRMS-based metabolomic approach to study methicillin-resistant Staphylococcus aureus . Sandrine Aros-Calt, Saclay, France.

                        15h25 - 15h40 :  Approche combinée de profilage métabolique par LC-MS et RMN d’extraits de micromycètes d’origine marine. Julie Lalande-Martin, Nantes, France.

                        15h45 - 16h00  : Unraveling the glucose/Acetate transition in Escherichia coli by a combination of 13C-MFA and metabolomics strategies. Fabien Létisse, Toulouse, France.

  • Session parallèle B – Amphi Lespinasse

Session Plantes-Agroressources

Chairman: Eric Gontier, Amiens , France

                         15h05 - 15h20 : Sélection variétale traditionnelle et diversité chimique des plantes à racines et tubercules au Vanuatu. Laurent Legendre, Lyon, France.

                         15h25 - 15h40 :  Using developmental and diurnal compositional changes of tomato to study metabolism.  Annick Moing, Bordeaux, France.

                         15h45 - 16h00  Integrating metabolomic data from multiple analytical platforms for a comprehensive characterisation of lemon essential oils.  Florence Mehl, Genève, Suisse.

16:05 - 16:10 : Pause
16:10 - 16:40 : Session Etudiants Master Amiens

Chairman: Dominique Rolin, Villenave d'Ornon , France

EM1: Etude bibliographique : métabolomique et graines. Marie-Aude Tribalat, Nice, France

EM2 : La métabolomique dans le cursus pharmaceutique à l'Université de Picardie Jules Verne. Olivier Varennes, Amiens, France

EM3 : Métabolomique et agro-ressources à l'Université de Picardie Jules Verne . Sylvain Lecomte, Amiens, France

16:45 - 17:15 : Pause - Echanges informels
17:15 - 18:25 : Session Posters

Liste non exhaustive

18:30 - 18:40 : Départ Abbaye de Collonge

Départ en car pour l'Abbaye de Collonge (Repas de Gala)

mercredi 21 mai 2014
08:30 - 09:25 : Assemblée Générale RFMF Junior
09:25 - 09:30 : Pause
09:30 - 10:10 : Conférence invitée (4)

Chairman: Augustin Scalbert, Lyon, ,France

                          9h30 - 10h10 : Genetic variation of metabolic diseases and metabolomics. Thomas Illig, Hanovre, Allemagne

10:15 - 10:20 : Pause
10:20 - 11:00 : Sessions Environnement & Nutrition
  • Session parallèle A – Amphi Rotonde

Session Environnement

C

                       10h20 - 10h35 :   L'approche métabolomique identifie une réponse biologique à la contamination chronique à de faibles doses d'uranium naturel dans l'urine. Gaëlle Favé, Marseille, France.

                       10h40 - 10h55 :   Cloud metabolomics - a stress biomarkers story. Cyril Jousse, Clermont-Ferrand, France.  

  • Session parallèle B – Amphi Lespinasse

Session Nutrition

                       10h20 - 10h35 :   The polyphenol metabolome and dietary biomarkers in the European Prospective Investigation on Cancer and Nutrition (EPIC) cohort. Augustin Scalbert, Lyon, France.

                       10h40 - 10h55 :      Identification des AGPI w3 en position sn1 des phosphaditylcholines chez des sujets hypertriglycéridémiques après supplémentation en AGPI w3 : activation de la LCAT.   Véronique Ferchaud Roucher, Nantes,  France.

 

11:00 - 11:20 : Pause - Echanges informels
11:20 - 12:00 : Sessions Environnement, Nutrition & Authentification

Session Environnement

Chairman: Gilles Comte , Lyon, France

                      11h20 - 11h35 :    HRMAS NMR-based Metabolomics for the study of Al(III) nanoparticle toxic effects on P. brassicacearum  bacteria. Laetitia Shintu, Marseille, France.

                      11h40 - 11h55 :  Empreintes métaboliques de stress abiotiques chez des Brassicacées modèles et cultivées France. Alain Bouchereau, Rennes, France 

 

  • Session parallèle B – Amphi Lespinasse

Session Nutrition (Suite)

Chairman: Jean-Charles Martin , Marseille, France

                      11h20 - 11h35 : Trajectoires métaboliques chez le miniporc lors des adaptations du métabolisme à des challenges nutritionnels : le cas du régime riche en lipides. Sergio Polakof, Clermont-Ferrand, France.

Session Authentification

                      11h40 - 11h55 :  Metabolomic approach to authenticate plant extracts used in fragrance and flavour: application to violet extracts. Laure Saint-Lary, Nice,  France.

12:00 - 12:10 : Clotûre des 8 JS RFMF - Amphi La Rotonde
12:10 - 14:00 : Buffet
12:45 - 13:50 : Session Séminaires Industriels (2)
 

Amphi Rotonde

Chairman: Bruno Combourieu, Alixan, France

   

12h45 - 13h15 :

Bruker :

Les nouveautés à venir Bruker. 

Sabine Jourdain  et Alexandre Verdu , Bruker , France

   
       

13h20 - 13h50 :

Agilent technologies :

CRAFT: a new way to process your NMR spectra and to extract frequency and amplitude information.

Dimitris Argyropoulos,  Agilent Technologies , Royaume-Uni

Mobilité ionique par Agilent ou comment gagner en efficacité de séparation

Luc Arnaud, Agilent Technologies , France

   
       
14:00 - 17:00 : Tables Rondes

Amphi La Rotonde                              

                               14h - 15h : Table ronde 2 : Preparation of blood samples for metabolomic analyses.

                                15h - 17h : Table ronde 3 : High resolution mass spectrometry and metabolomics – Looking for best solutions to three major hurdles.

14:00 - 16:00 : Atelier MetaboLights & CosMos

                      14h00 - 16h 00 Atelier 4 : Hands on data submission to MetaboLights using ISATools. AND Maximizing ‘-Omics’ interoperability by promoting metabolomics open standards data exchange formats: The biologist view.

Rédaction : CDe
Date de création : 22 novembre 2013
Mise à jour : 14 mai 2015
Contact : rfmf@bordeaux.inra.fr